環(huán)境影響評價制度與排污許可制度都是我國污染源管理的重要制度。如何實現(xiàn)環(huán)評制度和排污許可制度的有效銜接是排污許可制改革的重點。《實施方案》中提出，通過改革實現(xiàn)對固定污染源從污染預防到污染管控的全過程監(jiān)管，環(huán)評管準入，許可管運營。

環(huán)評制度重點關注新建項目選址布局、項目可能產生的環(huán)境影響和擬采取的污染防治措施。排污許可與環(huán)評在污染物排放上進行銜接。在時間節(jié)點上，新建污染源必須在產生實際排污行為之前申領排污許可證；在內容要求上，環(huán)境影響評價審批文件中與污染物排放相關內容要納入排污許可證；在環(huán)境監(jiān)管上，對需要開展環(huán)境影響后評價的，排污單位排污許可證執(zhí)行情況應作為環(huán)境影響后評價的主要依據(jù)。